Este tipo de intervención, la más compleja de todas las que realizamos en Navark, se lleva a cabo en el caso de que se detecte un yacimiento arqueológico en el ámbito de actuación de un proyecto constructivo.
La excavación arqueológica consiste en una serie de operaciones y procedimientos controlados metodológicamente destinados a analizar la estratigrafía natural y antrópica de un yacimiento arqueológico. El objetivo de la excavación, por lo tanto, es recoger la mayor cantidad posible de datos y elementos sobre el aspecto del yacimiento en el pasado, sus fases de ocupación, de abandono y los diversos aspectos de la vida de las personas que habitaron en él, lo utilizaron y transformaron. Asimismo, la excavación arqueológica pertenece a la categoría de métodos de investigación del terreno, que tienen el objetivo de obtener datos y relacionarlos o confrontarlos con información obtenida por otros sistemas de fuentes históricas. Una vez realizada la intervención arqueológica es necesario procesar la documentación para conocer la cadena de acontecimientos ocurrido en el lugar investigado, es decir, su historia. Los arqueólogos son historiadores que deben interpretar los hechos acaecidos en el pasado, explicarlos y definir modelos de actuación en los diferentes momentos históricos.
Se entiende este tipo de actuación como una medida compensatoria, que asume la alteración o destrucción de un elemento cultural por el desarrollo de un proyecto constructivo y procede a equilibrar la situación mediante la investigación del sitio. Es decir, se compensa la pérdida con el exhaustivo conocimiento de la entidad afectada.
Los trabajos de documentación arqueológica y paleontológica en campo se rigen por la metodología estratigráfica propia de cualquier intervención arqueológica moderna. Ello supone la identificación, excavación y registro de cada unidad estratigráfica, acompañada de la documentación gráfica y fotográfica. La excavación de cada estrato se realiza en orden inverso al de su creación, y los materiales recuperados se embalan convenientemente según su naturaleza (cerámica, hueso, industria lítica, restos metálicos, etc.) en los recipientes adecuados provistos de su identificación de origen.
Durante el proceso de excavación se toman muestras de los sedimentos documentados para posibles análisis antracológicos, palinológicos o radiocarbónicos posteriores, siempre y cuando dichos sedimentos presenten algún indicio de interés arqueológico.